Первая игра повествует о том, как были разлучены Сора и его друзья, когда их родной мир, Острова Судьбы, был уничтожен Бессердечными. Сразу после этого Сора получает оружие для борьбы с ними — Ключ-Клинок (яп. キーブレード ки:бурэ:до?, англ. Keyblade). Оказавшись в Перекрёстном городе Перекрёстном Городе (яп. トラヴァースタウン торава:су таун?, англ. Traverse Town), Сора встречает Дональда Дака и Гуфи — двух посланников из Замка Дисней Замок Дисней (яп. ディズニーキャッスル дидзуни: кяссуру?, англ. Disney Castle), посланных Королём их мира найти Ключ-Клинок и его обладателя, а также сверчка Джимини — их летописца[30]. Все трое путешествуют по мирам, основанным на мультфильмах студии Disney, запечатывая сердца миров, при этом защищая их от Бессердечных. Противостоит им группа диснеевских злодеев во главе с Малефисент, которая контролирует Бессердечных[31][32]. Сора, Дональд и Гуфи побеждают Малефисент, но вскоре узнают, что Ансем — истинный главный злодей. Ансем хочет открыть «Королевство Сердец» как источник абсолютной силы тьмы. Трое побеждают Ансема и запечатывают дверь с помощью Короля и Рику, стоящих с другой стороны двери.

После закрытия двери к Королевству Сердец трое героев начинают искать Короля и Рику. Поиски приводят их в Замок Забвения (яп. 忘却の城 бояку но сиро?, Castle Oblivion)[33]. Зайдя в замок, Сора, Дональд и Гуфи начинают терять память. Друзья встречают врагов в чёрных плащах — членов загадочной Организации XIII. Сора узнаёт, что его воспоминания меняла девочка по имени Намине, которую Организация XIII держала как пленницу. Чтобы восстановить прежние воспоминания Соры, Намине усыпляет Сору, Дональда, Гуфи и Джимини на один год, при этом во время сна они потеряют все воспоминания о Замке Забвения. Тем временем Рику оказывается в замке и путешествует по нему с помощью Короля. Рику сражается с тьмой в своём сердце и с Организацией XIII, при этом поняв, что его природа двойственна: он принадлежит как к свету, так и к тьме. Заключив союз с загадочным Дизом, Рику помогает ему охранять Сору и Намине, пока Сора не проснётся. Но тринадцатый член Организации XIII, Роксас, мешал восстановлению памяти Соры. Рику его побеждает.

Через неделю после успеха Рику Сора, Дональд и Гуфи просыпаются в Сумеречном городе (яп. トワイライトタウン товарайто таун?, Twilight Town) без воспоминаний о Замке Забвения и всём, что там случилось. Трое продолжают свои поиски Короля Микки и Рику. Они узнают о Несуществующих, объединённых под началом Организации XIII. После этого Малефисент возвращается и встречается с Питом, другим диснеевским злодеем, чтобы отомстить Соре. Сора опять путешествует по диснеевским мирам, сталкиваясь не только с Малефисент, Питом, и Бессердечными, но ещё и Организацией XIII, которая называет Сору Роксасом. Тем временем Каири похищена Несуществующими. Герои встречают Короля Микки, который говорит им, что «Ансем», которого Сора победил — Бессердечный Ксеханорта, ученика настоящего Ансема. Сора, Дональд и Гуфи прибывают на базу Организации XIII, в Мир, Которого Никогда Не Было (яп. 存在しなかった世界 сондзай синакатта сэйкай?, The World That Never Was), где на небе видно Королевство Сердец. Сора побеждает оставшихся членов Организации и встречает Рику и Каири. Рику говорит Соре, что Роксас — Несуществующий Соры, появившийся, когда Сора стал Бессердечным. Чтобы поймать Роксаса, Рику добровольно превратился в лже-Ансема. Роксас был пойман и был заставлен снова слиться с Сорой. Король Микки находит Диза, который открывает свою истинную сущность: он и есть Ансем Мудрый. Ансем собирается оцифровать Королевство Сердец, но машина, которая его оцифровывала, взорвалась, и Ансем исчезает во взрыве. После взрыва Рику принял свой изначальный внешний вид. На вершине башни Сора и его друзья сражаются с Ксемнасом, главой Организации XIII. Ксемнас использует останки Королевства Сердец, чтобы получить силу, но проигрывает. Не желая признавать поражение, Ксемнас отделяет Сору и Рику от остальных и вступает с ними в бой, закончившийся смертью Ксемнаса. Сора и Рику возвращаются на Острова Судьбы.

Год спустя Сора, Рику и Каири получают письмо от Короля Микки, содержимое которого не было показано в Kingdom Hearts II, а только в Kingdom Hearts coded. В письме сказано, что Сора должен спасти Терру, в которого вселился Мастер Ксеханорт, чтобы омолодиться (Ксеханорта в теле Терры Сора встречал в форме Ансема и Ксемнаса), Вентуса, чьё сердце было отделено от тела после победы над его тёмной половиной, Ванитасом, и спит внутри Соры, а тело покоится в секретной комнате Замка Забвения, и Акву, заточённую в Реальности тьмы, а также Аксела, Ксион, Роксаса и Намине. Сора отправляется в путешествие, чтобы их найти. Тем временем, Король Микки узнаёт от Йена Сида шокирующие новости: с уничтожением «Ансема» и Ксемнаса возродился Мастер Ксеханорт. Йен Сид приказывает Королю найти Сору и Рику, чтобы они смогли пройти экзамен на звание Мастера Ключ-Клинка.